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Agilent MassHunter Profiling软件是专为表达谱分析应用而设计的，可用于生物标记物发现等应用。该软件与Agilent 6210 TOF LC/MS一起使用，能够清晰地识别样本组之间的统计学上有意义的差异，允许选择比较标准，并将概要数据导出到Agilent的GeneSpring GX软件、其他数据库搜索程序、识别环境或统计分析包中进行统计分析。MassHunter Profiling软件还支持其他应用，如药物杂质分析、法医分析、环境分析和农药分析。质量谱分析广泛用于比较研究中的生物标记物发现，用于比较蛋白质、肽段或代谢物的表达情况（如健康与疾病或药物治疗样本、疾病状态监测等）。质量谱分析还可用于检测药物杂质和农药等靶向化合物。