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此应用说明详细介绍了一种改进的用于蛋白质鉴定的二维纳米液相色谱-质谱（LC/MS）方法，该方法利用强阳离子交换柱上通过增加盐浓度梯度的盐步骤梯度洗脱消化的肽，然后进行反相相分离。然而，在这种方法中，离子交换色谱法并不能发挥其全部性能。为了提高SCX色谱性能，开发了一种新的半连续泵盐梯度的方法。本应用说明介绍了改进的用于二维纳米LC/MS的方法。为了证明该方法的全部性能，分析了酵母蛋白质复杂的胰蛋白酶消化物。采用开发的方法获得的结果与以前使用的注射方法以及离线2D LC方法进行了比较。