Agilent Technologies Gene Expression Microarray Analysis of Archival FFPE Samples 应用笔记

更新: 01 October, 2023

应用笔记摘要微阵列基因表达杂交是一种强大且经过验证的技术，用于研究癌症中差异性基因表达特征。从新鲜冷冻组织中提取的RNA最适合进行微阵列分析；然而，在许多情况下，固定石蜡包埋（FFPE）组织是唯一可用的样本。为了处理这些困难的样本，安捷伦开发了一种优化的FFPE样品协议，用于与安捷伦基因表达微阵列一起使用。为了测试该协议的有效性，从四分之一套结肠肿瘤（腺癌）中提取了总RNA，并将其与结肠FFPE和新鲜冷冻组织匹配。确定了RNA的纯度和质量，并使用一种系统对RNA进行扩增，该系统将反转录生成的cDNA库进行限制性PCR扩增。产生的cDNA靶标被化学标记。微阵列结果的分析表明，对于FFPE衍生的RNA样品，检测的灵敏度降低；然而，检测到的基因列表显示FFPE和冷冻样品之间存在较高的重叠。基因表达信号的比较表明，技术复制品之间的测定具有良好的重复性。阵列信号的主要成分分析表明，通过复制样品的分组，肿瘤和正常样品之间存在明显的分离。肿瘤和正常样本之间的表达水平变化的统计分析表明，FFPE和冷冻样本之间的表达水平变化都很相似。

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发布时间: 02 July, 2012

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